自去年中国海洋调查局船只驶入钓鱼岛海域，日本方面一直在研究应对措施。日本海上警卫舰队对此采取了相对克制的态度。日本海上安保官员大田治久男称：“我 们此次没有打算进行登船捕抓。闯入者。即使对于以往他们（中国）的民间船只，我们也只是使用必要地消防措施来压制他们，但是我们绝对没有使用任何武力火 力。我们不会给中国一个对我们射击的理由。这是中国妄念而已。钓鱼岛闯入者争端事件，我们此次依旧认为是民间的问题。不是国对国的军事冲突。”
2008年12月8日，中国海监总队“海监46”号、“海监51”号编队进入钓鱼岛12海里实施巡航后，日本海上保安厅将每日在钓鱼岛附近海域的巡视船数量由2艘提高到3艘。
同时，日本海上保安厅认为必须进一步提升对中方公务船只的警惕。除投入PLH大型巡视舰外，还将加强与海上自卫队的情报交换和联系，加大对东海海域中国公务船只的监控力度。海上保安厅在钓鱼岛海域实施强制行动的相关预案也进行了调整。
但是，最新的美国关岛情报资讯称：中国海军核潜艇，也加强了在东海活动的频率。
而香港保钓委员委员邱叶先生今早对台湾记者称：我在这里时刻关注钓鱼岛最近的变化。日本海上警卫船对于中国海军还是有所忌惮，民间今后将选择海军出巡时机出海。对于官方的保钓，日本船此次没有敢于采取象上一次那样。登船抓人。
同济大学亚太研究中心主任蔡建国指出，从麻生在达沃斯经济年会上重提备受争议的“自由繁荣之弧”构想，到他2日在参院提出“将视情况决定是否参拜靖国神 社”，到这次日本在钓鱼岛常驻巡视船，这三件事几乎同时显示出强硬态度，这显然不是孤立的问题，有麻生为摆脱国内困境的考虑。蔡建国强调，“不管日本出于 什么样的考虑在钓鱼岛派驻巡视船，麻生政府应该清楚，中日关系能走出寒冬不容易，重新走上小泉的老路并不符合日本的利益。”
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